Моряшки синдикат е създаден през февруари 1990 и приемник на Общофлотски профкомитет към Параходство БМФ. Първи председател на синдиката е к.п.д. Борислав Борисов.
Моряшки синдикат е основен член на КНСБ от създаването му.
През 1991 година синдиката подава молба, а от октомври 1992 година е пълноправен член на Международната федерация на транспортните работници (ITF) – Лондон.
Пълноправен член е на Европейската федерация на транспортните работници (ETF) – Брюксел от създаването и през юни 1999 година.
Моряшки синдикат е браншова организация на работещи в системата на водния и по-специално морския транспорт. В него членуват предимно моряци, работещи в Параходство БМФ, ИАМА – Варна, самостоятелни организации на моряците-ветерани от Бургас и Варна. От 1994 година насам непрекъснато се увеличава броят на работещите в чуждестранни корабособственици. През периода март 1996 година – октомври 1999година в Моряшки синдикат са членували и организациите на КНСБ в пристанищата Варна и Бургас.
Преструктурирането на синдика като браншова организация е извършено през 1996 година.
Специфично в работата на синдиката е активната международна дейност, тъй като членовете в по-голямата си част работят на български и чуждестранни кораби извън България.
Председател на Моряшки синдикат от август 1992 година е Красимир Вълчев.
Ръководството на синдиката е базирано във Варна с представителство във Бургас. Към Моряшки синдикат на трудов и граждански договор работят 7 човека.
Моряшки синдикат е основен инициатор от 1997 година и привърженик на обединение на транспортните синдикати в КНСБ в транспортна федерация по подобие структурата на ITF като обединение на силни независими браншови структури, способни ефективно да обединяват ресурси за постигане на общите цели в нужния момент.